A Faculdade de Ciências Exatas e Engenharias estimula a participação de todo o seu corpo docente em atividades de orientação e pesquisa, seja em projetos de pesquisa individuais, ou na pós-graduação. Como resultado, a produção científica se mantém em nível equitativo as outras Unidades da UERJ. Os pesquisadores da FCEE trabalham em produção e publicação de artigos científicos, comprovados nas principais bases de indexação.
Além disso, o colegiado da FCEE mantém constante submissão e aprovação de projetos de pesquisa junto às principais agências de fomento: Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq), Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES), Financiadora de Estudos e Projetos (FINEP) e Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro (FAPERJ).
As atividades de pesquisa e desenvolvimento tecnológico são desenvolvidas nos laboratórios de pesquisa organizados dentro de cada departamento da FCEE.