A Faculdade de Ciências Exatas e Engenharias estimula a participação de todo o seu corpo docente em atividades de orientação e pesquisa, seja em projetos de pesquisa individuais, ou na pós-graduação. Como resultado, a produção científica se mantém em nível equitativo as outras Unidades da UERJ. Os pesquisadores da FCEE trabalham em produção e publicação de artigos científicos, comprovados nas principais bases de indexação. Além disso, o colegiado da FCEE mantém constante submissão e aprovação de projetos de pesquisa junto às principais agências de fomento: Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq), Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES), Financiadora de Estudos e Projetos (FINEP) e Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro (FAPERJ).
As atividades de pesquisa e desenvolvimento tecnológico são desenvolvidas nos laboratórios de pesquisa organizados dentro de cada departamento da FCEE.

Laboratórios de Pesquisa por Departamento

Grupos de Pesquisa no CNPq

Visão e Inteligência Computacional

Processamento de Imagens Digitais e Inteligência Computacional – Marcelo Musci (lider), Giancarlo Cordeiro da Costa e Leonardo da Silva Boia

Harpia - Empreendedorismo, Propriedade Intelectual e Patrimônio Cultural

Propriedade intelectual, inovação e empreendedorismo – Anderson Moraes de Castro e Silva (lider), Cristina Nunes de Sant´Anna, Renata Angeli e Rosana da Paz Ferreira
Memória, Patrimônio Cultural e Empreendedorismo – Anderson Moraes de Castro e Silva (líder) e Cristina Nunes de Sant´Anna

Núcleo de Tecnologias Emergentes

Modelagens Numéricas e Simulações Computacionais – Mauricio Quelhas Antolin (líder) e Gisele Duarte Caboclo Antolin

Grupo de Estudos em Finanças, Inovação e Empreendedorismo

Custos e sua Interface com a Contabilidade e Gestão Financeira – Gilberto Jorge da Cruz Araújo (líder) e Marcela Lobo Francisco